这对于司马迁最后定稿《史记》是有很大影响的。
在哲学上,《论六家要旨》集中地反映了司马谈的朴素唯物主义思想,特别表现在对阴阳家的评论上。阴阳家的众多忌讳只不过是束缚人们思想的糟粕,是不可取的。但阴阳家所讲的四时之大顺,乃是自然规律,并不是神秘的东西。司马谈又认为神、形离则死,反映了他的无神论思想。但是司马谈并没有把唯物主义坚持到底。他认为神、形是两个东西,神是根本,形是器具,这是二元论的观点。司马迁发展了二元论的观点,他的历史观基本是二元论。例如司马迁究天人之际,却又对占星术的荒诞迷信表示怀疑;司马迁认为“天”能支配人事,但又对“天道无亲”提出了质疑;司马迁认为历史是英雄创造的,但又承认人心向背起最后的决定作用;司马迁认为历史是循环的,却又认为求利的欲望是历史发展的动力。由此可见,《论六家要旨》的二元论对司马迁历史观的形成也产生了重大的影响。
司马谈学识渊博。他学天官于唐都,受《易》于杨何,习道论于黄子。故司马谈《论六家要旨》言约义丰,能够准确地把握各家学说的要领,提出自己的独到见解。司马迁受父熏陶,学识博大思精,议论宏阔,驰骋古今,他之所以能自成一家之言,家学渊源的育养是一个重要条件。