江北大营的主持者、钦差大臣琦善已届意气衰朽的晚年。太平军坚守扬州时,虽有咸丰帝的一再严令催促,但他对皇帝所谓的“蕞尔扬州”始终无可奈何。太平军自扬州撤退后,他对“蕞尔瓜洲”依然是无所作为。1854年8月,琦善在扬州军中病故。清廷以前任江宁将军托明阿继任钦差大臣。但托明阿由连镇战场赶赴扬州后,依然久攻瓜洲不下。咸丰帝对此大感失望,他在1855年7月的一份上谕中说:
托明阿自到扬州督兵以来,打仗未尝不力,然往往胜负参半。蕞尔瓜州[洲],并无城池可守,何至被贼久踞,攻剿费力,竟与坚城相等?恐调度或未尽善,抑带兵诸将,恃勇而不济以谋耶?
对于皇帝的指责,托明阿辩解道:
(太平军)将上中下三洲分筑外石内沙之垒,炮弹遇沙即止,不能穿过,较之砖城尤为难攻。又于要路连筑数营,峻垒深濠,回环包路,且中隔运河,与镇江对峙,互相应援。我军分围东西两路,地处沮淤,袤延四五十里,路程纷歧,沟坎错出,大队无从展布。或逼近进攻,该逆凭高击下,枪炮如雨。隔水则地雷难掘,登陴则无处可梯。终经百计诱引,贼终坚匿不出。以故屡次攻城,总未能痛加剿洗。